刚刚过去的 5 月，又是收获满满的一个月。5 月份共有 4 篇客户文献影响因子大于 10，分别发在 J  Clin Invest、Hepatology、Nat Commun 和 Journal  of  Hepatology。QY球友会提供的服务涉及 ceRNA 芯片，表达谱芯片，RNA  测序分析等。

文章列表

ANXA6 Contributes to Radio resistance by Promoting Autophagy via Inhibiting the PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway in Nasopharyngeal Carcinoma

鼻咽癌中 ANXA6 通过抑制 PI3K/AKT/mTOR 信号通路促进自噬增强辐射抗性

发表期刊

Molecular and Cellular Oncology

影响因子

IF=5.26

中科院杂志分区：1 区

通讯作者所在单位

复旦大学上海医学院

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Affymetrix HumanU133 plus 2.0 Array 

摘要简单描述：

放疗是鼻咽癌常规有效的治疗方法，但也有失败的可能，主要原因是放疗耐药导致肿瘤残留或复发。然而，鼻咽癌耐辐射的机制和预测标记仍不清楚。在本研究中，作者采用串联质谱标记（Tandem Mass Tag) 对鼻咽癌细胞进行定量蛋白组学分析，并对不同放射敏感性的鼻咽癌临床样本进行基因芯片分析，确定 Annexin A6 (ANXA6) 作为候选的耐辐射标记物。结果发现，高表达 ANXA6 与鼻咽癌的耐辐射能力呈正相关，siRNA 抑制 ANXA6 可提高鼻咽癌的耐辐射能力。与原代细胞相比，建立的耐辐射鼻咽癌细胞的自噬发生率增加，LC3 siRNA (siLC3) 使鼻咽癌细胞对辐射敏感，从而抑制自噬。此外，ANXA6 siRNA (siANXA6) 通过激活 PI3K/AKT/mTOR 通路抑制细胞自噬，导致放射增敏。联合 siANXA6 和 CAL101(一种 PI3K、p-AKT 和 mTOR 的抑制剂，同时）显著逆转上述 sianax6 减少的自噬。CAL101 对 PI3K/AKT/mTOR 的抑制也在负反馈过程中增加了 ANXA6 的表达。综上所述，本研究发现 ANXA6 通过抑制 PI3K/AKT/mTOR 通路促进自噬，从而有助于鼻咽癌的耐辐射。这一发现的意义在于，ANXA6 可作为鼻咽癌放疗后预后的一种新的预测生物标志物。

Overexpression of mechanical sensitive miR-337-3p alleviates ectopic ossification in rat tendinopathy model via targeting IRS1 and Nox4 of tendon-derived stem cells

机械敏感的 miR-337-3p 过表达通过靶向肌腱源性干细胞的 IRS1 和 Nox4 缓解大鼠肌腱病变型的异位骨化

发表期刊    

Journal of Molecular Cell Biology

影响因子    

IF=4.671

中科院杂志分区：生物  2 区

通讯作者所在单位

上海交通大学医学院附属新华医院

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Agilent Rat microRNA chips v16.0

摘要：

肌腱病，以肌腱异位骨化为特征，在某些人群中是一种常见疾病，比如那些肌腱重复性劳损的运动员。然而，肌腱过度使用引起的肌腱病变的分子机制仍然缺乏。在这里，作者发现机械敏感性 miRNA，miR-337-3p，在单轴周期性机械负荷下，在腱源性干细胞（TDSCs）及阴性对照的软骨成骨细胞分化而来的 TDSCs 种，表达较低。重要的是，miR-337-3p 在大鼠和人钙化肌腱中的表达均下调，而在大鼠肌腱病变模型的髌腱中 miR-337-3p 的过表达则显示出强大的治疗效果。在机制上，作者发现促炎细胞因子白细胞介素 -1β 是 miR-337-3p 的上游，它将机械负荷与 miR-337-3p 的下调联系起来。此外，miR-337-3p 的靶基因，NADPH 氧化酶 4 和胰岛素受体底物 1，分别通过 JNK 和 ERK 信号激活 TDSCs 的软骨成骨分化。因此，这些发现不仅为肌腱病异位骨化的分子机制提供了新的见解，而且也突出了 miR-337-3p 作为临床治疗肌腱病的一个可能靶点的意义。

Transcriptome Analysis of Carbohydrate Metabolism Genes and Molecular Regulation of Sucrose Transport Gene LoSUT on the Flowering Process of Developing Oriental Hybrid Lily‘Sorbonne’Bulb

糖代谢基因转录组分析及蔗糖转运基因 LoSUT 对东方百合‘Sorbonne’根球开花过程的分子调控

Int J Mol Sci 发表期刊

影响因子

IF=4.18  

中科院杂志分区：1 区

通讯作者所在单位

北京林业大学园林学院

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RNA Sequencing

摘要：

切花百合的品质由球茎的品质决定，在春化和花芽分化过程中，球茎中大量积累了糖，影响了球茎的发育，但是糖基因对这些过程的调控机制的细节还没有完全了解。此研究利用形态学生理学，转录和基因工程技术来探索这种生理变化。重新分析了 Hiseq Illumina 2000 测序产生的东方杂交百合 'Sorbonne' 求根的转录组数据后，注释了 25 种糖代谢相关基因的 72 个基因。结果表明，这些基因与百合球春化和发育密切相关，将基因表达模式与基因共表达网络相结合，5 个基因（Contig5669、Contig13319、Contig7715、Contig1420 和 Contig87292) 被认为是有潜力的信号，蔗糖转运基因（SUT) 是此研究的重点。通过生理和分子试验推断碳水化合物的转运途径和基因的调控机制。SUT 似乎是可以感知和调节糖浓度的糖传感器，它可能对其他基因如 FT，LFY 等具有影响。LoSUT2 和 LoSUT4 基因是通过 RACE 从东方杂交百合 'Sorbonne' 克隆的，这是这些基因在东方杂交百合 'Sorbonne' 中克隆。分析了这些蛋白质的疏水性和磷酸化等生理特性，此外，还预测了蛋白质的二级和三级结构，表明这两种蛋白质是膜蛋白。通过定位荧光载体实验验证了它们的细胞位置；它们在韧皮部周围的细胞中高度表达，这说明了这些基因在糖转运中的关键作用。此外，瞬时表达试验表明，拟南芥中过表达的 LoSUT2 和 LoSUT4 明显早于野生型，FT、SOC1 和 LFY 的表达也受 LoSUT2 和 LoSUT4 的影响，表明 LoSUT2 和 LoSUT4 可能调节植物的开花时间。

The Long Noncoding RNA Arrl1 Inhibits Neurite Outgrowth by Functioning as a Competing Endogenous RNA During Neuronal Regeneration in Rats

长非编码 RNA Arrl1 在大鼠神经元再生过程中作为竞争性内源性 RNA 抑制轴突生长

发表期刊

J. Biol. Chem.

影响因子

IF=4.11  

通讯作者所在单位

南通大学神经再生重点实验室

南通大学附属医院

上海科技大学生命科学技术学院

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RNA-seq

摘要

神经元的固有再生能力是修复周围神经损伤的关键因素。因此，确定神经再生的关键调节剂可能有助于改善轴突再生和损伤后的功能恢复。与经典转录因子和再生相关基因（RAG）不同，lncRNA 在调节神经元再生中的功能仍然未知。在这项研究中，研究者使用基于 RNA-Seq 的转录组图谱分析了坐骨神经损伤后大鼠背根神经节（DRG）中 lncRNA 和 mRNA 的表达模式。使用 lncRNA–mRNA 共表达网络，GO 富集和 KEGG 途径数据库进行的分析表明，lncRNA Arrl1 减少了神经元损伤后神经突的长出。shRNA 介导的 Arrl1 沉默在体外和体内均可增加轴突再生，并改善坐骨神经的功能恢复。此外，抑制 Arrl1 的靶基因，细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂 2B（Cdkn2b），可显著促进 DRG 神经元的神经突生长。另外研究表明，Arrl1 作为一种竞争性的内源性 RNA (ceRNA)，能够分泌 Cdkn2b 抑制因子 microRNA-761 (miR-761)，从而在神经元再生过程中上调 Cdkn2b 的表达。lncRNA Arrl1 通过抑制 Cdkn2b 表达来影响 DRG 神经元的固有再生。该研究表明，lncRNA–microRNA–激酶途径在大鼠周围神经损伤后的轴突再生和功能恢复中起着调节作用。

Circular RNA-ZNF532 regulates diabetes-induced retinal pericyte degeneration and vascular dysfunction

circRNA-ZNF532 调节糖尿病引起的视网膜周细胞变性和血管功能障碍

发表期刊

J Clin Invest

影响因子

IF=11.57

中科院杂志分区：医学 1 区

通讯作者所在单位

南京医科大学附属眼科医院

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Human circRNA 芯片

摘要：

尿病视网膜病变（DR) 是处于工作年龄的成年人失明的主要原因。其中，血管周细胞变性是主要的临床表现。然而，控制周细胞变性的机制却不明确。环状 RNA (Circular RNAs, circRNAs) 已被发现在多种生物过程和疾病进展中起重要作用。本研究中，作者研究了 circRNA 在周细胞生物学和糖尿病视网膜血管中的作用。研究发现，糖尿病患者外周血细胞中 cZNF532 表达上调；在糖尿病小鼠模型的视网膜血管中和糖尿病患者的玻璃体中，cZNF532 表达也同样上调。进一步分析其功能发现，cZNF532 沉默会导致周细胞的存活率，增殖和和分化能力降低。在体外实验中，cZNF532 还可以抑制周细胞向内皮细胞的募集。cZNF532 可以作为 miR-29a-3p 海绵并诱导 NG2，LOXL2, CDK2 的表达来调控周细胞生物学功能。下调 cZNF532 或过表达 miR-29a-3p 加重链脲霉素诱导的视网膜周细胞变性和血管功能障碍。相反，过表达 cZNF532 或抑制 miR-29a-3p 可改善糖尿病玻璃体诱导的视网膜周细胞变性和血管功能障碍。总的来说，该研究证实了  circRNA 在 DR 中介导的周细胞生物学的机。诱导 cZNF532 或拮抗 miR-29a-3p 可能成为将来治疗 DR 的新方法。

Functional Comparison of IFN-α Subtypes Reveals Potent HBV Suppression by a Concerted Action of IFN-α and -γ Signaling

IFN- α 亚型的功能比较揭示了 IFN- α 和 - γ 信号协同作用对 HBV 的抑制作用

发表期刊

Hepatology

影响因子

IF=14.97 

中科院杂志分区：1 区

通讯作者所在单位

复旦大学上海医学院

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Gene Expression Array

摘要：

干扰素 -α（IFN-α）由多种亚型组成，在免疫防御中起着重要作用。IFN-α2 作为研究较多的亚型，治疗慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染具有疗程短、持续的病毒学反应等优点，但其疗效仍较低。本研究旨在筛选抗 HBV 能力较强的 IFN- α 亚型，并探讨 IFN- α 介导的 HBV 抑制的新机制。采用细胞培养 HBV 感染系统和人肝嵌合小鼠模型，对 IFN- α 亚型介导的抗病毒反应和信号激活进行了综合分析。IFN-α14 是抑制 HBV-cccDNA 转录和 HBeAg/HBsAg 产生的较有效亚型，其 IC50 值比常规 IFN-α2 低约 100 倍。单用 IFN-α14 诱导 IFN- α 和 - γ 信号串扰，类似于联合应用 IFN-α2 和 IFN-γ，诱导多个有效的抗病毒效应物，协同抑制 HBV 复制。GBP5 是 IFN-α14- 和 -α2 处理的肝细胞中差异表达较显著的基因之一，被认为是一种新的 HBV 限制因子。IFN-α-IFNAR1 受体亚单位间的强相互作用决定了 IFN- α 的抗 HBV 活性。进一步证实 IFN-α14 的体内抗 HBV 活性和治疗相关的转录模式，未见不良反应。结论：IFN- α 亚型 14 能有效地诱导肝内 IFN- α 和 - γ 协同反应，与有效的 HBV 抑制有关。这些数据加深了QY球友会对 IFN- α 亚型不同活性的理解，以及 IFN- α 和 - γ 信号协同作用的机制，对改进 IFN 治疗和 HBV 治疗策略具有指导意义。

Raptor determines β-cell identity and plasticity independent of hyperglycemia in mice.

Raptor 影响了与高血糖无关的小鼠中 β -cell 的特异性和可塑性

发表期刊

Nat Commun

影响因子

IF=11.878  

中科院杂志分区：1 区

通讯作者所在单位

上海交通大学附属瑞金医院

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RNA Sequencing

摘要简单描述

作者之前报道过 mTORC1/Raptor 可以调控 β 细胞的成熟分化。在这篇文章中，作者发现 β 细胞特异性 Raptor 缺失的糖尿病小鼠（βRapKOGFP）显示出 β 细胞数量的减少，β 细胞特性的减少的同时，表现出 α 细胞特征的增加，这种变化通常在葡萄糖归一化后是不可逆的。Raptor 的缺失直接损伤了 β 细胞的特性，比如说线粒体代谢耦合和蛋白质合成活性，从而导致 β 细胞的减少。进一步的研究发现，Raptor 的缺失激活了 α 细胞特异性转录因子 Mafb 和一些 α 细胞特异性富集的基因，比如说 Etv1、Tspan12，进而激活了 β 细胞向 α 细胞重编程。本研究强调了 mTORC1 作为一个代谢调节器，可以在正常的葡萄糖水平下稳定 β 细胞的特性同时抑制 α 细胞的重编程，上述发现未来可能成为糖尿病治疗的潜在靶点。

Peptide SMIM30 promotes HCC development by inducing SRC/YES1 membrane anchoring and MAPK pathway activation

多肽 SMIM30 诱导促进肝癌发展的 SRC / YES1 膜锚固和 MAPK 途径激活

发表期刊

Journal  of  Hepatology

影响因子

IF=18.9 

中科院杂志分区：1 区

通讯作者所在单位

上海第二军医大学

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RIP Sequencing

摘要简单描述

背景和目的：具有小开放阅读框（smORFs) 的（ncRNAs) 非编码 rna 的很大比例确实被翻译成短肽。目前尚不清楚短肽在何处以及如何促进肝细胞癌（HCC) 的发展。

方法：作者在 4 个癌细胞系上使用核糖体蛋白 S6 (RPS6) 抗体进行 rna 免疫沉淀和高通量测序（RIP-seq) 分析。作者以一个 lncRNA LINC00998 为研究对象，利用 qPCR 和公共数据库评价其在 HCC 患者中的表达水平。通过构造特殊的载体来确定其编码潜力，并对 linc00998 编码的肽在肿瘤的生长和转移作用机理进行了探讨。

结果：作者在癌细胞中发现了大量与 RPS6 结合的 lncRNAs。这些 lncRNAs 中的 LINC00998 编码了一种称为 SMIM30 的内源性小肽。SMIM30 通过调控细胞的增殖和迁移来促进肝癌的发生，而不是 RNA 本身，其水平与肝癌患者较低的生存率相关。此外，SMIM30 通过 c -Myc 转录，驱动非受体酪氨酸激酶 - src /YES1 的膜锚定。此外，SRC/YES1 还激活了下游的 MAPK 信号通路。

结论：作者的研究结果不仅揭示了由 ncrna 编码的肽促进的肝癌肿瘤发生的新机制，而且提示该肽可作为肝癌治疗的新靶点和肝癌诊断和预后的新的生物标志物。

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